Ayasofya mabedi yapıldığı ilk zamanlarda, Hristiyan üçlemesinin ikinci unsuru İlahi Hikmet anlamındaki Theia Sophia’ya adanmıştır.İlahi Hikmet veya Hagia Sophia isimleri ile anılmış olsada esas adı Megale Ekklesia  (Büyük Kilise) ismi verilmiştir. 

İlk Ayasofya yapısı ile bilgiler çok sınırlı olmakla birlikte bugünkü Ayasofya’dan küçük olarak taş duvarlı, ahşap çatılı ve beş nefli bazilika tipinde yapıldığı tespit edilmiş. Augusteum’daki sarayın yanında Artemis tapınağı üzerine inşa edildiği söylenmiştir.

I.Ayasofya İmparator I. Konstantinos’un oğlu Konstantios tarafından yaptırıldığı düşünülüyor. Kilise 15 Mayıs 360 yılında açılmış 20 haziran 404’te çıkan bir isyanda yanmıştır.

II.Ayasofya İmparator II. Theodosisi tarafından Mimar Ruffinoss’a yaptırılmış. I.Ayasofya gibi beş nefli, ahşap çatılı yapı yine şehrin en büyük kilisesi olma ünvanını korumuştur. Kilise ikinci olarak 10 Ekim 415’de açılmış ve 13 Ocak 532 tarihinde Nika ihtilalinde yanmış.

III.Ayasofya İmparator İustinianus tarafından çağın en ünlü mimarlarından Milatoslu İsidoros ve Trallesli Anthemious’a yaptırılmıştır. Kilise ibadete 27 Aralık 537’de açılsa da 559 yılındaki depremde kubbesinin doğu yönü yıkıldığı için tekrar tamire alınmıştır. III.Ayasofya ikinci olarak 24 Aralık 562’de tekrar açılır. Yapılışından bugüne neredeyse aynı formda gelmiştir. 

1453’de Fatih Sultan Mehmed’in İstanbulu fethetmesiyle Ayasofya Camiye çevrilerek 482 yıl islam mabedi olarak kullanılmıştır. Cumhuriyetin ilanından sonra 1930-35 arasında yapılan restorasyon sonrasında müzeye çevrilmiş ve 85 yıl müze olarak ziyaretçilerini ağırlamıştır. 2020 yılında Danıştay kararıyla tekrar cami olmasına karar verilen Ayasofya 24 Temmuz 2020 tarihinde resmi olarak açılışı yapılarak Diyanet İşleri Başkanlığına devredildi.

I.Ayasofya’dan III.Ayasofya’ya Yaşadığı Felaketler

• I.Ayasofya, yaşamı halk tarafından uygun bulunmayan İmparator Arkadios’un karısı Evdokia ile İstanbul Patriği İoannes Khrisostomos’un çatışmaları sonucu çıkan bir ayaklanmada 20 Haziran 404’te yanmıştır.
• II.Ayasofya 13 Ocak 532 tarihinde Nika İhtilalinde yanmıştır.
• 559 yılındaki bir depremde kubbesinin Doğu yanı tamamen yıkılmıştır.
• 8 Şubat 869 (İmp. II. Basileus) depreminde Batı yarım kubbesi hasar almış.
• 912’de Güney-Doğusundaki patrikhane yanmış.
• 25 Ekim 986’daki depremle kubbesinin bir bölümü yıkılmış. duvarlarında ciddi yarık ve çatlaklar oluşmuş. İmp. II. Basileus, Mimar Tridot’a tamir ettirmiş. Tamirat 6 yıl sürmüş.
• IV. Haçlı Ordusu tarafından yağmalanmış. 1261’de Paleologoslar şehri yeniden alınca İmp. VIII. Michael, rahip ve mimar olan Ruchas’a mabedi yeniletmiştir.